Początkowo kościół był filią kościoła Mariackiego, później został podniesiony do funkcji kościoła parafialnego.
W XVI w. kościół przeszedł pod zarząd protestancki. Został przekształcony w świątynię kalwińską.
Wierni przyjeżdżali na mszę do tego kościoła z Gdyni, Sopotu i z terenów Żuław, ponieważ była to jedyna świątynia kalwińska w okolicy. Wierni byli w większości ludźmi zamożnymi.
Podczas drugiej wojny światowej kościół został zbombardowany i podpalony.
Po wojnie świątynię odbudowano.
Od 1958 r. stał się ponownie kościołem katolickim.
W 2019 r. miał miejsce pożar nad zakrystią. Spłonęło 200 m² konstrukcji dachu. Wnętrze kościoła nie uległo uszkodzeniu.
